Tanskalaisen urkurakentamo Christensen & Sønnerin valmistamat urut on vihitty käyttöön vuonna 2002.  Mekaaniset urut ovat edelleen huippuluokkaa ja yhdet Pohjois-Suomen parhaista, mutta urkujen nahoitus on nyt tullut tiensä päähän.  Kyse ei sinällään ole suuresta dramatiikasta, sillä orgaanisena aineena nahka väistämättä haurastuu ja kovettuu ajan mittaan, jolloin urkuihin syntyy ilmavuotoja, ilmanpaine laskee ja soitin muuttuu epävireiseksi.  Haapajärvenkin kirkon urkujen palkeita on jo jouduttu teippaamaan ilmavuotojen estämiseksi.  Nahka on kuitenkin parhaaksi koettu materiaali takaamaan urkujen tiiviys, joustavuus ja pitkäikäisyys.  Remontin yhteydessä myös kaikki parisentuhatta urkupilliä puhdistetaan.

Nahkaa käytetään erityisesti urkujen palkeissa, mutta myös esim. ilmalaatikoissa ja venttiileissä.  Nahoitus on vaativaa käsityötä, jonka tekevät aina alan ammattilaiset Haapajärven Kristuksen kirkastumisen kirkon urkujen nahoitukset uusii Urkurakentamo Veikko Virtanen.

Urkuremontin vuoksi urut ovat poissa käytöstä parisen viikkoa lokakuun aikana.  Soittimena mm. messuissa ja kirkollisissa toimituksissa käytetään sinä aikana pianoa.

Urkuremonttiin on seurakunnan budjetissa varattu 17 500 euroa.